Ты в обработчике прерываний собрался высчитывать положения планет с точностью до тридцатого знака после запятой?!
Обычно по прерыванию пишут несколько строк кода, переменные инкрементируют и все такое... А с переменными можно основному коду работать между прерываниями. С какой скоростью работает твой МК? А сколько тактов генератора будет выполняться программа прерывания? С какой скоростью должно вращаться колесико, чтоб МК не успевал обрабатывать?
На ВСЕ эти вопросы ответить элементарно, подумай сам, почитай ДатаШит. В поисковике пошерсти в конце концов! Ты думаешь в мыши стоит военная разработка, работающая на космических скоростях и поэтому мышь успевает?
ЗЫ
Кстати, как ты думаешь, а почему у МК есть дивайс, называемый "таймер\
счетчик"?