естесственно, не вручную флешки забивать.
Эту модель суперкомпа собираешься всегда держать подключенной к ПК, или она будет т.н. "эмбеддед"?
Можно через юсб залить на большую флешку центрального вычислителя, а дальше да, юарт или СПИ. Я не знаю как у дргиг процессоров, но в техасах бутлоадер может принимать по спи или юарту и грузить или напрямую в оперативку, или во внешнюю флешку с последующей загрузкой из неё.
Зацени какую штуку сделал сразу в одном заказе с платами из темы про собачку:
Процессор - ДСП ТИ C6745. Снизу оперативка 32 МБайта 133МГц и НАНД-флеш на 128МБайт. Но я думаю нанд не впаивать, а подвесить снаружи СПИ-флешку на 8МБайт.
И почти такая же плата на процессоре F2802, тоже от Техасов. Но там внешней памяти нет никакой.
Вот что-то типа такого в модульном исполнении на общую материнку.