У меня тут на иллистрациях мега32, так как другой под рукой нет.
Запускаем AVR Studio. Жмем кнопку "Connect"

- conn.PNG (2.88 КиБ) Просмотров: 2414
Выбираем STK500 и порт. Жмем "Connect".
Появляется запрос, выбираем "Отмена"

- firmware.PNG (6.65 КиБ) Просмотров: 2427
В открывшемся диалоге выбираем ATMega128 и жмем "read signature". Должна появиться надпись "Signature matches selected device"
Переходим на вкладку "Program", в разделе "Flash" выбираем HEX-файл, жмем "Program". В окне внизу появляются сообщения. Если все в порядке - последним будет "Leaving programming mode.. OK!"