Например, тот же алгоритм, но представленный в виде последовательности действий может быть запатентован как изобретение. Способы (алгоритмы), предполагающие только вычислительные действия, не могут охраняться патентом на изобретение.
(http://www.legal-support.ru/information/faq/patent/soft-no-patent.html)
http://patenting.in.ua/?p=27
http://vkurse.net/index.cgi?action=news|show&ID=2743
http://b2blogger.com/pressroom/release/39925.html