Я не понял суть вопроса. Поидее как хочешь - так и будет работать. Хочешь одну программу на ПК или несколько это же только на твое усмотрение
Добавлено спустя 1 минуту 14 секунд:
ИМХО еще не понимаю зачем суваца в микроконтроллеры если не знаешь как управлять "с компа"