Рекоммендуется проектировать модуль таким образом, чтобы выставлением джампера можно было заблокировать переход МК модуля в режим программирования при поступлении на вход RESET логического нуля. При этом МК должен находиться в отключенном состоянии (на его вход RESET должен подаваться низкий уровень).
Кстати, тогда получается обычный наш джампер по RESET'у можно убрать вообще? Ну и относится это только к тем модулям, которые будут SPI юзать, т.е. если я делаю модуль дочерний на I2C мне пофиг на это.