Если по моей плате - то перемычка - запитывает программируемый МК от USB - очень удобно для небольших плат. А диод - чтоб если плата уже запитана от источника, это не мешало самому программатору.
Кстати я еще немного переделал программатор - вывел кнопку Reset на корпус - теперь удобно сбрасывать чип при необходимости...