Ну да, такое может случиться... Тогда нужно будет искать этот драйвер и думать что с ним делать - менять на другой (другую версию) или менять железо которое он обслуживает на другое с более грамотно написанным драйвером.
Я сейчас пытаюсь написать
RTDM драйвер для Xenomai-а который делает тоже самое что и программа в юзер-спейсе и посмотреть на сколько это улучшит ситуацию с ШИМ-ами.