Задолбало меня это - отключаешь терминал, жмешь сброс, запускаешь make program, подключаешь терминал, пока подключал - инфа уже повалилась в порт, начало пропустил, снова жмешь ресет.
Наваял по быстрому простенькую терминалку которая может сама вызывать make program, предварительно отключившись от порта, а после прошивки снова подключается. Стало намного приятнее - скомпилировал, переключился на терминалку, даванул сброс, нажал F9 - и вуаля
Если кому надо - в архиве исходники (QT).