Как сконфигурировать новый проект в WinAVR можно посмотреть на стр.
Как состыковать WinAVR с AVR Studio можно посмотреть там же.
Как состыковать WinAVR с симулятором электроники VMLAB можно посмотреть в папке C:\VMLAB\WinAVRdemo
Для отладки программ из WinAVR в PROTEUS вам нужно файл .elf полученый в WinAVR указать в свойствах AVR на схеме устройства в проекте PROTEUS - пример там -
Примеры программ - исходники - для WinAVR вы можете найти в топике:
Библиотека исходников для WinAVR - Procyon AVRlib
Топик с общими вопросами по микроконтроллерам.
WinAVR 2008 тестируют на форуме Electronics - первые отзывы
==============
Книга по компилятору GCC на руском языке. Полезна и для WinAVR !