Интересная закономерность, проблему в общем победил, но то как я это сделал мне не нравится
Проблема вылечилась путем копирования файлов stdarg.h и stddef.h в каталог WinAVR\avr\include и переименованием в stdarg2.h и stddef2.h с последующим подключением именно в таком виде во всякие stdio.h и другие заголовочные файлы.
Не понимаю почему AVR Studio вешался при попытке использовать эти stdarg.h и stddef.h из каталога WinAVR\lib\gcc\avr\3.4.6\include\