C отсановкой делает код мастер CVAVR и это может быть полезно если вы инициализируете таймер после того как он уже использовался в другом модуле програмы - возможно он "тикал" и его теперь остановили.
Конечно это не обязательно делать. При запуске МК там и так 0 будет.