одно и то же в принципе
можно свою схему на макетке, воткнуть туда мегу и прошить бутлоадер ардуины, и будет у тебя ардуина
а можно в ардуине стереть бутлоадер и программировать её программатором будет просто плата с МК.
вопрос в степени самостоятельного труда.
плюс ардуины уже сказали,уже всё готово в универсальном виде. взял в руки плату и всё, это готовый мозг для робота, пиши программу.
а если хочется уникальности то заморачивайся сам. рисуй трави паяй.
ардуино для ленивых, или тем кому надо собрать быстро прототип без вникания в дебри схемотехники.