Он уже свалил - скопировался в одного чувака из Зеона. То же самое хотел провернуть с каждым подрубленым к матрице человеческим тельцем. Он ведь уже скопировался в каждого (откуда, думаешь, его были такие толпы по всей матрице), оставалось только отрубиться от ванночек с физраствором и шлангами - и матрица бы осталась без жителей, мир машин без добываемой из тел энергии... да ещё и люди с одинаковой личностью лазают всюду, провода рвут, живота не жалея.
Я как-то так, во всяком случае, понял.

? Т.е. верховная прога сказала проге-агенту: "Я тебя не выпущу с Земли на освоение космоса пока ты не уничтожишь Зеон". А прога-агент получается ограничена в своем самосознании, и может только эмулировать одного человека, хотя и растиражироваться может, но это не то...
Лучше всего в кинотеатре 
народ полностью удовлетворён и сЧАСтЛИФФ 