1) Переложи картику сюда, как вложение в сообщение. Это правило форума.
2) r1 - побольше, 5-10мА сигнальному св. диоду достаточно.
3) Что такое C1??? С ним моторы ехать точно не будут. Там должен быть кондюк, но в парралель, вообще-то лучше 2 или 3, электролит поздоровее(100-1500мкФ), а также керамика 1 или 2 разных номиналов (100пФ и, скажем, 200нФ), фильтровать ВЧ помехи.
4) Я бы еще добавил дроссель-фильтр последовательно с D1, тоже для фильтрации помех.
5) Зачем нужно питать контроллер при просадке батарей? Лично я не вижу смысла заморачиваться с этим, потому что когда здоровая батарея подсела, надо выключать силовую часть и остатков заряда в акке хватит контроллеру очень и очень надолго.
6) зачем двухступенчатая схема питания МК?
7) Импульсный VR1(даже если он нужен) - неоправдан. Контроллер обычно потребляет крошечный ток, на нем КПД импульсника не проявится все равно, а линейник проще и дешевле.
Как мерить напряжением на основном аккумуляторе?
Поставить делитель на 2 резисторах для снижения напруги и выход завести на АЦП МК.
В этом случае придется добавлять алгоритм компенсации посадки батареи, боюсь не осилю)
Это а) проще, чем бороться со стабилизацией напряжения моторов б) вообще говоря, не требуется.