В общем опять я парился кучу времени, пока осознал, что контроллер жив, а порт А у него выгорел. При том как АЦП он работает, а как порт - нет. Странное дело, но вот такие вот грабли получились. Иногда полезно не надеяться на то что все должно работать. а ткнуть куда надо осциллографом.