На самом деле редактировать конфиги вручную действительно удобно, потому как они снабжены коментариями и при наличии подсветки синтаксиса в редакторе задача это не сложная и имхо (и не только мое) это проще и удобней чем графические утилиты. Запускать редактор можно в том же терминале, желательно еще и screen использовать, будет удобней.
По поводу иксов - ставь обычную десктопную убунту, будут иксы, от серверной версии она отличается только набором пакетов, доставить апач, пхп и мускуль дело не трудное.