Для начала я бы посоветовал нормальный дистрибутив Debian/Ubuntu/Fedora Не потому что я не патриот, а по тому что для этих дистрибутивов вагон и маленькая тележка инструкций как и что делать.
Остальное зависит, что программировать. Например текстовый редактор + avr+gcc, отличная среда разработки Или Arduino IDE.
Добавлено спустя 4 минуты 19 секунд: Если мозгом системы будет линукс, то можно посмотреть вариант использования http://www.ros.org/
R3 forum87/topic15337.html R2 roboforum.ru/forum102/topic13980.html R4 roboforum.ru/post336339.html#p336339 Делать надо хорошо - плохо получится само!