Судя по первому запуску и скриншотам симулятор там на уровне программы PIC Simulator, не слишком богат и удобен, потому что порой при симуляции требуется получить как можно больше информации о том что происходит в твоей программе и на схеме.
например при вставке блоков Си-кода в Flowcode просимулировать результат не удастся, програма не определяет эти вставки. Вот тут то и поможет Proteus, с загруженным hex-ом.
Вот это уже не очень радует, MPLAB например создает obj файл который понимает Proteus и отлаживать в нем уже можно прямо по строкам программы, фиксируя где и какие переменные меняются. А с чистым hex-сом такой танец уже не получится.
А так... Для тех кто только начал изучать микроконтроллеры может быть самое оно. Главное чтобы была толковая описаловка на эту программу с уроками и прочим дополнением. Для тех кто уже полгода-год сидит на серьезных компиляторах и выкурил объемную стопку всяких руководств, переходить на новую программу помоему нет смысла. Тем более для тех кто программирует Microchip. Для PIC-контроллеров уже создана пара библиотек и расширений стыкующихся с MPLAB-ом и позволяющих создавать свой графический интерфейс (Graphics Display Designer) с кнопками, менюшками и прочими кузявными приблудами. Причем этот модуль на сколько я знаю поддерживает все известные дисплеи, включая сенсорные панели, и распространяется свободно.
З.Ы. Но это лично мое мнение.