для проверки одной мысли нашёл простецкий симулятор ардуины.
ножками дрыгает как надо, брейкпоинты есть, значения переменных можно менять вручную.
кроме самой ардуины правда ничего не симулирует.
Simulator for Arduino v0.98
http://www.virtronics.com.au/Simulator-for-Arduino.html
триал 8 дней.