дырки дырявил -... какие продырявились при ручном дырявлении

НО НЕ В ДЫРКАХ ДЕЛО !
как вы не врубитесь то.
оси - это шарнирное соединение, для КАЧЕНИЯ.
у в вашей конструкции - на ось действуют перпендикулярные к ней силы (на излом, перекос)
кто там силён в солиде - нарисуйте все действующие силы векторами - увидете.
сколь бы точно не изготовить - дЫры достаточно быстро расшатаются.
из чего вы резать думаете ? из плексигласа/полистирола/поликарбоната/ПВХ ? - это всё мягкие пластики. Твёрдых пластиков (и армированных) то - раз-два и обчёлся, и стоят они дороговато.
заклёпки - да, вариант. но и усложнение и без того сложной конструкции.
винты.
походу вы не имели дел с достаточным количеством винтов

там +\- 0,1мм даже в одной 100шт. коробке одной партии одного изготовителя, а вы хотите заложить их размер

и на теле винта и на резьбе. такая же петрушка и с винтами с "лысой" частью.
то же самое - про заклёпки.
а, ну можно заказать с нужной точностью, разумеется. У вас же печатный станок для денег

моё окончательное на этот момент имхо: пересмотреть конструкцию, что бы не было перекоса в осях.