А на avrdude (в составе winavr идет готовый к работе под виндой) ты таки погляди. Там самая соль - в avrdude.conf, в нем можно отдельно описывать чипы - указывается какие конкретно команды надо слать по SPI для выполнения разных действий - запись там, чтение, стирание, фузы, калибровка и т.п. Т.е. при выходе нового чипа можно взять описание похожего, скопировать, поправить сигнатуру, может поправить какие-то отличающиеся команды, глядя в даташит, и вуаля - дудь уже поддерживает новый чип. Ну или подождать пару дней, пока кто-то сделает это за тебя и скачать свежий конфиг
Да, есть один маленький недостаток - command-line interface
. Хотя есть и гуи-обертки, но я не пользовался. Вписываю команду программирования сразу в мейкфайл.