1. Если теоретически, то с помощью AVRStudio. Расставляешь точки останова по своему коду в интересующих местах. Запоминаешь состояние ‘CycleCounte’ или ‘StopWath’, либо просто их обнуляешь на одной токе, жмешь ‘Run’ (F5) и смотришь значения на остановившейся точке.
2. Если практически, то как уже было сказано многими, в место точек останова вставляешь отладочный код. Самое простое это дерганье ногой порта. Далее, измеряешь либо с помощью частотомера длительности, если точность особо не волнует, то с помощью осциллографа.