Ой, а я оказывается недочитал задачу
Спрашивали-то про таймер 2. На нем нельзя получается - либо режим CTC, в котором нельзя рулить скважностью, либо PWM в котором период всегда 256. Извиняюсь за невнимательность.
На прерываниях я бы делал так: режим CTC, ногу в режим toggle, и в прерывании смотреть на текущее состояние ноги (вкл/выкл) и подсовывать длительность следующего импульса или паузы в OCR2.
Но для контура мне кажется лучше забрать таймер 1. Чем он щас занят-то? Может его задачу проще программно или на таймере 2 сделать?