Программатор никак не связан с макеткой, сделан отдельно. Вынул атмегу с макетки - вставил в программатор. В последних моих мучениях, диод на MOSI/MISO/SCK/RESET не ставил.
Пробовал прошивать на другом компе(программатор этот же, 5 проводков), другую версию CodeVisionAVR, увеличивать Delay Multilier в настройках CodeVisionAVR(было где-то написано попробовать на быстрых ПК), убрать резистор на программаторе который стоит на корпус LPT с GND, перепрошивать фьюзы, разные источники питания. Как то так.
Буду дома, замерю напругу на всех ногах. Нашелся осциллограф, посмотрю, может ШИМ.