Если я ничего не путаю - есть 2 варианта.
1 - поставить какой-то высокочастотный кварц, например на 1 МГц и fuse-битами выбрать работу от него. В таймере 1 выбрать при инициализации работу от системного такта с прескалером побольше (читать раздел 16-bit Timer/Counter1) и считать время таймером 1. Часовой кварц не использовать.
2 - поставить 32768, а МК настроить fuse-битами на работу от внутреннего RC. Таймер 2 настроить на тактирование от внешнего кварца 32768 (раздел 8-bit Timer/Counter2 with PWM and Asynchronous Operation)
Ну а дальше исходя из имеющихся частот выбирать - какой ставить prescaler и какой период таймера. В результате обычно стараются получить период 1 герц или другое круглое значение (если присутствует динамическая индикация - то явно повыше нужно, например 1024 Гц, а потом программно делить). Таймер поставить в CTC mode (Modes of operation в том же разделе про таймер), режим хорош тем что период задается 1 раз и дальше все само работает.
Пример: для 1 МГц прескалер 64, период 15625 - получаем 1 Гц. Для варианта с 32768 - ну например прескалер 256, период 128. Для 1024 Гц - ну сам пересчитай, прескалеры там наверное вообще 1 брать, а периодом рулить.
В общем коэффициент деления - это число, на которое делится тактовая частота

Равен произведению прескалера и периода таймера. С этой частотой будет вызываться обработчик прерывания таймера, в котором ты будешь увеличивать на 1 счетчик секунд (для варианта с 1 Гц) или счетчик своих внутренних тиков для варианта с 1024 Гц, тогда там же переключать активное знакоместо на индикаторе и выводить туда цифру.
Прескалер - это по русски предварительный делитель частоты, см. структурные схемы таймеров все там же - в даташите
