Не в прерывании тоже не работает.
PC3, PD0 описаны в хедере iom8.h
С ножками всё в порядке, пробовал менять и на цифры, причём в кодвижн if работает.
Входные ноги PC3-PC5
Выходные PD0-PD2
Так что не играет роли с чего снимать и на что выводить =)
Добавлено спустя 38 минут 48 секунд:Бред =)
Записал так:
- Код: Выделить всё • Развернуть
 {
  if ((PINC & (1 << PC3)) != 0)
  {
    TCNT1H=0xF0;
    TCNT1L=0x6F;
    PORTD = (1<<PD0);
  }
и всё заработало. =)
В общем если у кого-то будет похожая проблема, то в IAR нужно проверять не на равенство лог.1, а на 
НЕ РАВЕНСТВО лог.0