RTC MCP7941 имеет нехорошую недокументированую фичу - пристарте от батарейки, т.е. при монтаже - спаяли схему и воткнули батарейку для RTC, оно инициализирует регистр калибрации случайным значением.
В процесе поиска, почему считаем время неправильно уже самые немыслимые идеи были - от поддельных кристалов и кондеров, влияния лака на плате до глюков на I2C шине, что при интенсивном обмене оно переписывает регистры.
Все оказалось банальнее - последовательность подачи напряженя, Vdd - first = OK, Vbat - first = SURPRISE.
Решилось принудительной инициализацией калибровочного регистра 0.